Consulta sobre apellidos

Buenos dÍas, mi marido tiene en el D.N.I el apellido de su padre y de su madre (en ese orden). Su padre lo abandonó de chiquito, jamás se hizo cargo. Mi consulta es si el día de mañana, cuando tengamos un hijo lo podemos anotar con el apellido de su madre (que por más que no sea el primero es con el que se siente identificado). Ó se tiene que sacar el del padre para poder anotarlo con su apellido materno.